ثانیاً: سازمان قضایی نیروهای مسلح تحت پوشش قوه قضائیه درآمد و از دخالت بی‌جای مسئولان اجرایی به رغم آنچه در رژیم سابق وجود داشت و شخص شاه می‌توانست در احکام دادگاه‌های نظامی تجدیدنظر کند، جلوگیری شد.
در تاریخ ۲۹/۸/۱۳۵۸ دادگاه انقلاب ارتش به موجب ماده واحده‌ای به تصویب شورای انقلاب رسید که این ماده واحده نظر قانون اساسی مبنی بر الحاق سازمان قضایی ارتش به قوه قضائیه را تامین نمی‌کرد، به ویژه این که دادستان دادگاه انقلاب ارتش از سوی وزیر دفاع انتخاب می‌شد.
بنابراین در تاریخ ۱۰/۸/۱۳۶۰ قانون الحاق سازمان قضایی ارتش به دادگستری به تصویب رسید و درتاریخ ۲۲/۲/۱۳۶۴ قانون دادرسی نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران به تصویب رسید که به موجب آن دادگاه‌های نظامی به دادگاه نظامی یک و دو تقسیم شدند.

صلاحیت دادگاه نظامی یک که مرکب از یک رئیس و یک مشاور است عبارت است از رسیدگی به جرایمی که مجازات آنها ۱۰ سال یا بیشتر، حبس یا اعدام است و دادگاه نظامی دو نیز که مرکب از یک رئیس و یک مشاور است، به جرایمی رسیدگی می‌کند که مجازات آنها کمتر از ۱۰ سال حبس باشد و در کنار این دو دادگاه، یک دادگاه عالی انتظامی قضات ارتش در معیشت دادسرای انتظامی قضات ارتش وجود دارد که تخلفات قضات ارتش رسیدگی می‌کند. مرجع تجدیدنظر در احکام دادگاه نظامی یک، دیوان عالی کشور است (احمدی، آیین دادرسی مدنی، ص۶۵).
در برخی از جرایم نظامیان که در قانون مجازات جرایم نیروهای مسلح پیش‌بینی شده است و در صلاحیت دادگاه‌های نظامی قرار دارد، دارای ماهیت سیاسی است (مانند جاسوسی) هرچند صراحتاً نام جرم سیاسی به آنها اطلاق نگردیده است.
ج)دادگاه ویژه روحانیت
جرایم و تخلفات افراد روحانی، اعم از جرایم عادی و سیاسی در دادگاه ویژه‌ای به نام دادگاه ویژه روحانیت رسیدگی می‌شود و در معیت این دادگاه، دادسرای ویژه روحانیت فعالیت می‌کند. اولین سند مربوط به این تشکیلات، نامه حضرت امام خمینی (ره) در تاریخ ۱۸ شوال ۱۴۰۷ هجری قمری خطاب به آقای رازینی می‌باشد که مامور تشکیل آن شد. حاکم شرع دادگاه ویژه روحانیت در تاریخ ۳۱/۴/۱۳۶۶ در نامه‌ای خطاب به رهبر انقلاب در خواست کرده است تا جرایم زیر دراین دادگاه مورد رسیدگی قرار گیرد:
«کلیه جرایم روحانی نمایان ومنتسبین به روحانیت اعم از جرایم عمومی وضد انقلابی و تخلفات مربوط به شئون روحانیت». این پیشنهاد مورد تصویب رهبر معظم انقلاب قرار گرفت. سرانجام در تاریخ ۱۴/ ۵/ ۱۳۶۹، آیین‌نامه دادسراها و دادگاه‌های ویژه روحانیت که به رهبر معظم انقلاب پیشنهاد شده بود، در ۴۷ ماده به تصویب ایشان رسید، صلاحیت دادسراها و دادگاه‌های مزبور عبارتند از:
الف) کلیه جرایم عمومی روحانیون،
ب)کلیه اعمال خلاف شأن روحانیون،
ج) کلیه اختلافات محلی مخل امنیت عمومی، در صورتی که طرف اختلاف روحانی باشد،
د)کلیه اموری که ازسوی مقام معظم رهبری برای رسیدگی، ماموریت داده می‌شود.
همچنین جرایم درآیین‌نامه مزبور به سه دسته تقسیم شده‌اند: