ژنوتیپ های حاصل از نمونه ها و کنترل ها را در یک جدول احتمال ۲×۳ شمارش ژنوتیپ برای هر گروه به طور مجزا مرتب نموده. برای یک snp با الل های C و T نمونه ها و کنترل ها را با ژنوتیپ CC وCT و TT جدول بندی کرده، چندین روش آنالیز آماری مختلف برای این جدول می ­تواند به کار رود که در اینجا تمرکز بیشتر بر میزان تطابق است تا روش های رگرسیون. آزمون کای اسکوئر پیرسون برای دستیابی به انحراف از فرضیه صفر بکار می­رود که نمونه­ها و شاهدها توزیع مشابهی از تعداد ژنوتیپ دارند. این آزمون آماری یک توزیع آماری کای اسکوئر با درجه آزادی ۲ برای این جدول است.

این روش یک آنالیز آماری معتبر را برای اطلاعات موجود محیا می کند اما از اطلاعات ژنتیکی استفاده نمی کند. اطلاعات را در جدولی با ژنوتیپ های CC، CT، TT نشان داده اگر چه ترتیب ستون در این آزمون آماری مهم نیست و اگر جدول را به گونه ­ای دیگر نیز بچینیم مقادیر مشابهی از آزمون آماری و ارزش p بدست خواهیم آورد.
جدول می تواند با شمارش تعداد آلل های C و تعداد آلل های T که توسط نمونه ها و شاهد ها حمل می شوند از ژنوتیپ به آلل تجزیه شود ( شکل ۸-۱ روش های آنالیز برای مطالعات وابستگی (SNP این آزمون تحت فرضیه صفر معتبر است..]۱۸[.
۳-۱۳بررسی تعادل هاردی-واینبرگ
تحت تعادل هاردی واینبرگ آلل ها به طور تصادفی در جمعیت تفکیک می شوند. مقایسه فراوانی ژنوتیپ های مشاهده شده و مورد انتظار سنجش تعادل هاردی واینبرگ را میسر می سازد( به عنوان مثال بکار بردن آزمون کای اسکوئر). برای آلل های CوT ،فراوانی آلل C برابر P است وفراوانی آلل T برابر q=1-p است. فراوانی های مورد انتظار از ژنوتیپ های CC،CT،TT برابر p2، ۲pq و q2 می باشد. فراوانی آلل های p،q معمولا از ژنوتیپ نمونه های مورد آزمایش تخمین زده می­شوند تا از اطلاعات ژنوتیپی ظاهری. انحراف از تعادل هاردی واینبرگ عموما با بکار گیری آزمون کای اسکوئر برای دستیابی به میزان انطباق صورت می گیرد]۳[. جدول ۴-۳ محاسبه مرحله به مرحله ژنوتیپ های مورد انتظار را نشان می دهد]۱۸[.
جدول ۴-۳ محاسبه مرحله به مرحله ژنوتیپ های مورد انتظار

۳-۱۴ آزمون کای دو )رابطه بین دو متغیر کیفی)
در نرم افزار spss و روند crosstab تعداد زیادی از آزمون های همبستگی قابل دسترسی است که با آنها مشخص می شود آیا رابطه بین متغیر ها معنی دار است؟ در این روند می توانید همبستگی بین انواع متغیر ها را آزمون کرد یکی از آزمون های عمومی آن، آزمون مربع کای است که برای تعیین رابطه بین متغیر های کیفی مناسب است. هدف این آزمون بررسی استقلال بین دو متغیر غیرعددی است. در آزمون استقلال کای دو حداقل یکی از دو متغیر کیفی و متغیر دیگری می تواند کمی طبقه بندی شده یا ترتیبی باشد.
۳-۱۵ روش آماری
در این آزمون فراوانی های مشاهده شده(F0)و فراوانی های مورد انتظار (?? ) که بر اساس استقلال دو متغیر محاسبه می شود، مقایسه می گردد. آماره آزمون کای دو پیرسن از رابطه زیر محاسبه می شود:
۳-۱۶ آزمون استقلال کای اسکوئر
از این آزمون برای بررسی رابطه ژنوتیپ ها وآلل ها استفاده می­گردد.
H0: رابطه معناداری بین دو گروه وجود ندارد.
H1: رابطه معناداری بین دو گروه وجود دارد.
در صورتی که مقدار عدد معناداری (SIG) و یا (PV) در سطح اطمینان ۹۵ درصد کمتر از ۰۵/۰ باشد فرض H0 رد می شود و بین دو گروه رابطه معناداری وجود دارد.
۳-۱۷آزمون نیکویی برازش کای اسکوئر
از این آزمون برای بررسی تعادل هاردی واینبرگ نمونه ها و شاهد ها استفاده میگردد.
H0: توزیع نمونه به توزیع مورد انتظار شبیه است.
H1: توزیع نمونه به توزیع مورد انتظار شبیه نیست.
در صورتیکه مقدار عدد معناداری (SIG) و یا (PV) در سطح اطمینان ۹۵ درصد کمتر از ۰۵/۰باشد فرض H0 رد می شود.
۳- ۱۸ انحراف معیار از میانگین (SE, SEM)
برای متمایز شدن پراکندگی داده ­های اولیه از پراکندگی میانگینهای حاصل از تکرار اندازه گیری ها، از واژه انحراف معیار از میانگین یا SE استفاده می شود. اما واقعا با محدودیتهای مالی موجود، آیا محقق می تواند مطالعه خود را بارها تکرار کند؟ یا بهتر است با ابزار ریاضی و آمار بر این مشکل فائق شود؟ قابل پیش بینی است که هر قدر حجم نمونه مورد بررسی یا n بزرگتر باشد این خطا کمتر و یا تخمین واقعی تر خواهد بود. لذا در تعیین شاخص انحراف معیار از میانگین باید فاکتور n در نظر گرفته شود. برای محاسبه انحراف معیار از میانگین از روی انحراف معیار این فرمول استفاده می شود
با این اصلاح ریشه تعداد یعنی n در مخرج کسر، در ریشه تعداد در فرمول SD ضرب خواهد شد و در نتیجه عملا تعداد یا n در مخرج قرار می گیرد و منطق مذکور در انتخاب n محفوظ می ماند. پس بطور خلاصه به کمک SE می توان از پراکندگی میانگینهای تکرار داده ها، یا به عبارت دیگر از دقت میانگین حاصل از مطالعه، اطلاع حاصل نمود لذا بطور خلاصه می توان گفت برای پی بردن به پراکندگی میانگینهای حاصل از تکرار یک سنجش، یا برای اطلاع حاصل کردن از میزان دقت اندازه گیری میانگین یک مطالعه، و یا نزدیکی میانگین داده های یک مطالعه به میانگین واقعی جمعیت هدف، از انحراف معیار از میانگین یا SE استفاده می شود. براساس SE می توان فاصله اطمینان ۹۵ درصد را تعیین نمود. با بهره گرفتن از فاصله اطمینان می توان گفت با اطمینان ۹۵ درصد میانگین واقعی جمعیت در حدود اطمینان قرار می گیرد. به عبارت دیگر، زمانی از انحراف معیار میانگین استفاده می شود که قرار باشد براساس نمونه استخراج شده از جامعه، میانگین نامعلوم جامعه برآورد گردد. در این صورت انحراف معیار میانگین دقت میانگین نمونه (دقت برآورد) را در ارزیابی میانگین جامعه نشان می دهد. هر چه انحراف معیار میانگین کوچک تر باشد، نشان دهنده دقت بیشتر در تخمین میانگین جامعه براساس نمونه خواهد بود]۲ [
فصل چهارم
نتایج
۴-۱ نتایج هضم آنزیمی
آنزیم Bsu36I با هضم قطعه ۸۰۸ جفت بازی حاصل از PCR (شکل ۱-۴) دو قطعه با اندازه های ۶۱۷ و ۱۹۱ جفت بازی تولید می کند (آلل C). درصورت مشاهده باند ۸۰۸ جفت بازی آلل T بدست خواهد آمد (شکل ۲-۴).
مارکر ۱۰۰bpشکل ۱-۴ قطعه حاصل از تکثیر پی سی آر (۸۰۸ جفت باز)
CT 6 5 CC 4 CC 3 TT 2 TT M 1
شکل۲-۴ در این شکل ژنوتیپ های حاصل از هضم آنزیم مشاهده می گردد. در نمونه شماره ۲و۳ ژنوتیپ TT ،در نمونه شماره ۴و۵ ژنوتیپ CC، درنمونه شماره ۶ ژنوتیپ .CT M 1مارکر وزن مولکولی (Gene­Ruller 100 bp DNA Ladder )
۴-۲مقایسه ی توزیع فراوانی پلی مورفیسم ژن TGFB1 در کودکان مبتلا به ریفلاکس وزیکویورترال با کودکان سالم
در این بررسی، ۱۶۰ کودک وارد مطالعه شدند. از این میان ۸۰ نفر سالم و ۸۰ نفر هم بیمار مبتلا به ریفلاکس وزیکویورترال بودند.
از مجموع ۸۰ کودک از افراد بیمار، فراوانی ژنوتیپی CC و TT و CT به ترتیب ۳۲٫۵% ، ۳۰% ،۳۷٫۵% محاسبه شد. همچنین از مجموع ۸۰ فرد سالم، فراوانی ژنوتیپی CT, TT, CC به ترتیب ۵۸٫۷۵% ، ۷٫۵% ، ۳۳٫۷۵% محاسبه شد . تجزیه و تحلیل آماری داده های فوق در نرم افزار آماری SPSS حاکی از آنست که اختلاف آماری معنی داری بین هریک از ژنوتیپهای فوق در افراد سالم و افراد مبتلا به ریفلاکس وزیکویورترال وجود دارد و نشان دهنده آنست که وجود این پلی مورفیسم می تواند به عنوان یک ریسک فاکتور در ابتلا به این بیماری مطرح باشد. جدول ۱-۴ و نمودار ۱-۴ فراوانی ژنوتیپ را در دوگروه بیمار و کنترل بر حسب تعداد نشان می دهد
جدول ۱-۴ فراوانی ژنوتیپ های CC،TC و TT بر حسب تعداد در دو گروه بیماران مبتلا به ریفلاکس وزیکویورترال و گروه کنترل.